Les effets cumulés du génotypage

Les évaluations à coûts moindres constituent un avantage réel pour une amélioration génétique plus rapide du troupeau

Les coûts du génotypage ont baissés au point de rendre possible aux producteurs laitiers canadiens d'utiliser ce genre d'évaluations. En septembre 2010, le lancement de GenoTest, service national de génotypage, a rendu ces tests disponibles par l'intermédiaire de Holstein Canada au prix de 47 $ pour le test avec la puce 3K.

Même à ce prix, existe-t-il des raisons suffisantes de faire une évaluation génomique de votre troupeau ou même de certains des animaux? Si vous considérez que l'évaluation génomique d'un veau nouveau-né constitue un investissement pour l'avenir et que cette information est précieuse pour la gestion et l'amélioration de votre troupeau, vous en aurez pour votre argent.

L'évaluation génomique des bovins femelles à un âge précoce vous procure l'information génétique de base. D'autres renseignements s'y rajoutent à mesure que se précisent les feuilles de route des vaches.

En plus de bénéficier à votre propre troupeau, l'évaluation génomique des femelles élargit le champ d'application des résultats de ces épreuves, qui s'ajoutent aux autres données nationales sur les troupeaux qui ont été évalués. Des données plus nombreuses servent à mettre à jour les évaluations génomiques et à améliorer globalement leur précision.

L'aspect le plus efficace de l'évaluation 3K est l'identification génomique de la valeur d'élevage espérée (VEE) des veaux femelles. L'évaluation 3K augmente la fiabilité de la VÉE selon la moyenne parentale à un niveau auquel on s'attendrait seulement après qu'une femelle ait dépassé un ou plusieurs objectifs cibles. Vous pouvez ainsi prendre des décisions de sélection dès l'apparition du nouveau-né, qui ne seraient prises d'ordinaire qu'à la première lactation.

L'évaluation 3K permet une précision acceptable à un coût beaucoup plus réduit si au moins l'un des parents, en général le géniteur d'insémination artificielle (IA), a subi les analyses plus onéreuses 50K. Avec l'information parentale et l'évaluation 3K, on arrive à presque autant de précision, comme l'indique le tableau tiré de Holstein USA à la page XX.

La fiabilité relative est la même au Canada et s'applique de la même façon à d'autres traits. Certains traits d'héritabilité plus faible sont relativement plus avantageux si on les combine aux données tirées du génotypage.

La plupart des taureaux d'IA ont été mis à l'épreuve avec la puce 50K. C'est ce qui permet de conférer une valeur à une femelle qui a été mise à l'épreuve avec la puce 3K quand il y a probablement une VÉE génomique pour son géniteur et son grand-père maternel (GPM).

Les moyennes parentales ont une utilité limitée pour prendre des décisions de sélection. Quand les chromosomes se séparent à la reproduction, un demi échantillon génétique sert à former le sperme ou l'ovule.

Même si deux génisses et plus peuvent être des soeurs propres, nous ne connaissons pas la combinaison exacte d'importants chromosomes dont chacune aurait hérité de ses parents, du moins avant les tests génomiques. Le regain apporté à la fiabilité par l'évaluation 3K ou 50K reflète les nouvelles connaissances mises au jour par la cartographie génomique, permettant une bien meilleure estimation du patrimoine génétique réel de cet animal.

Il existe trois milliards de paires de 30 chromosomes dans le génome bovin. Récemment, une épreuve de 800K SNP a été élaborée, qui identifie 800 000 sites. On n'en sait pas assez sur tous les sites compris sur cette puce pour déterminer l'importance de sa valeur dans l'identification des traits recherchés chez les bovins laitiers.

Bien que l'analyse 3K avec une fiabilité de 65 pourcent soit loin d'être parfaite, vous pouvez quand même l'utiliser de façon efficace pour travailler sur des groupes d'animaux nécessaires à la relève. Un troupeau de l00 vaches par exemple, aurait 40 veaux nés de génisses chaque année. À 47 $ (2010)par animal pour 40 analyses 3K, le coût total est de 1 880 $, sans compter votre temps. Les résultats des analyses génomiques seraient transmis au Réseau laitier canadien (RLC), et les VÉE génomiques vous seraient rapportées de la même façon que vous recevez maintenant les moyennes parentales.Vous trouverez des instructions sur la façon de prélever des échantillons et d'autres procédures sur le site Web d'Holstein Canada (www.holstein.ca).

En l'absence de modélisation économique plus complète des décisions de sélection basées sur l'information génomique, quelques scénarios se précisent où ces renseignements pourraient bénéficier au propriétaire du troupeau laitier pour les prises de décisions de sélection du troupeau.

La précision améliorée des VÉE génomiques permet d'évaluer plus exactement tous les animaux de remplacement, de même que d'identifier les extrêmes : haut mérite génétique et faible mérite génétique. Vous pouvez ainsi prédire avec beaucoup plus de précision quelle portion de votre troupeau de remplacement sera profitable quand les vaches auront vêlé. Grâce à l'évaluation génomique toutes les femelles de remplacement peuvent être classées selon leur degré de productivité à la première lactation et les décisions de réforme prises en conséquence.

Les génisses qui ont les VÉE génomiques les plus faibles auront tendance à être bien en dessous de la moyenne une fois qu'elles font partie du troupeau laitier, aussi en éliminant les génisses les plus faibles vous seriez rapidement gagnant grâce aux évaluations génomiques. En enlevant ces génisses plus tôt dans leur vie au lieu du moment du vêlage, plutôt qu'en les réformant à la première lactation, vous économisez le coût d'élevage, environ 2 500 $ par génisse, moins la différence de la valeur de récupération, probablement environ 400 $ par animal. Les avantages peuvent varier, selon la valeur de remplacement relative et les vaches réformées.

Jusqu'à 25 pourcent des génisses pourraient possiblement être éliminés ainsi. Quoi qu'il en soit, les économies de coûts découlant de la réforme selon les VÉE génomiques de seulement une ou deux génisses d'élevage permettraient de récupérer les prix des analyses.

Les génisses qui restent et qui feront partie du troupeau laitier sont les plus productives selon les décisions de sélection prises grâce à l'information génomique. Cet avantage assure une meilleure rentabilité à chaque lactation pour le temps qu'elles passeront dans le troupeau laitier.

Les stratégies de remplacement comprennent l'utilisation des génisses aux qualités génétiques plus faibles pour élever des taureaux de boucherie ou qu'elles servent au transfert d'embryon. Elles pourraient encore vêler, et les économies de coûts ne seraient pas immédiates puisque vous devrez encore supporter les coûts d'élevage de tous les animaux de remplacement.

Une autre approche serait de choisir les 10 à 20 pourcent des génisses en tête de liste pour les inséminer avec la semence sexée et obtenir des veaux femelles. C'est une stratégie qui assure un bon retour sur investissement, des génisses de meilleure qualité et une amélioration plus rapide du troupeau. Pour ce faire, il faudrait faire analyser seulement la moitié supérieure des génisses de remplacement selon leurs moyennes parentales, ce qui rabaisse les coûts des évaluations au risque de rater certains sujets dont les valeurs génomiques d'élevage estimées (VGÉE) montrent un profil supérieur.

Une approche similaire permettrait d'identifier les 10 pourcent des génisses de profil supérieur comme candidates donneuses pour des transferts d'embryons, et les 20 à 30 pourcent au profil inférieur comme femelles receveuses. Cette stratégie est plus onéreuse, mais de nouveau, elle accélère de beaucoup l'amélioration génétique de votre troupeau.

Un troupeau offrant du matériel génétique de haut profil, comme des mères pour des taureaux ou possiblement des femelles receveuses de transferts d'embryons, peut-être pour l'exportation, tire pleinement avantage de l'évaluation génomique avec la puce de 50k. Ces éleveurs doivent songer à évaluer le reste de leur troupeau avec l'épreuve plus économique de 3K.

Cependant, si vous élevez toutes les femelles de remplacement pour les faire vêler et que vous avez besoin de toutes pour maintenir votre production laitière, ou si vous préférez réformer plus d'animaux au moment de la première lactation, l'évaluation génomique ne vous est d'aucune utilité. Vous ne tireriez pas d'avantages de l'information génomique quand les veaux sont jeunes et qu'elle vous serait la plus utile, et vous ne pourriez récupérer les coûts des épreuves.

Si vous décidez toutefois de tirer avantage de cette technologie, vous pouvez augmenter la rentabilité grâce à une amélioration génétique rapide de votre troupeau, agrandir ce dernier et réduire les coûts d'élevage d'animaux de remplacement en éliminant les veaux aux caractères génétiques plus faibles. C'est la révolution de l'amélioration génétique.

Le texte précédent est paru dans la rubrique Ruminations de la revue Milk Producer Magazine en mars 2011.

Table 1. Fiabilité prévue de l'évaluation 3K et des autres épreuves pour le lait des Holstein
Source de prédiction Information génomique Fiabilité
génétique disponible prévue
Moyenne parentale Aucune - méthode traditionnelle 42%
Épreuve 3K sur l'animal Géniteur et GPM avec épreuve 50K, 60%
  Mère non mise à l'épreuve  
Épreuve 3K sur l'animal Les deux parents mis à l'épreuve 50K 65%
Épreuve 50K sur l'animal Imputation non nécessaire 72%
Épreuve 800K sur l'animal Imputation non nécessaire 74%

Auteur :

Blair Murray - Dairy Genetic Improvement Specialist/MAAARO

Date de création : 02 décembre 2011
Dernière révision : 02 décembre 2011

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